1999年6月，全军第十四次院校会议，将学院更名为“军事交通学院”，军事交通运输研究所归隶学院，并跨入全军重点建设的12所综合性院校的行列。
学院在长期的办学实践中，逐步形成了“面向部队、求实创新、从严治院、勇于献身”的校训。
学院拥有一支教学经验丰富、科研能力强、治学严谨、业务精湛的师资队伍，他们中有全国优秀教师、全军和总后勤部优秀教员，有国家和军队科技进步奖获得者。学院在长期的教学与科研实践中，形成了严谨、求实、开拓、进取的优良校风。学院教学、科研设施齐备，有宽敞明亮的教学大楼、设备先进的电教中心、计算中心、中心实验室、语言实验室和多个专业实验室．学院图书馆藏书丰富、门类齐全，为研究生的教学、科研创造了良好的物资条件。学院的礼堂、军体大操场、游泳他、浴池、生活服务和文化活动等生活、娱乐场所，为全院师生员工提供了良好的生活环境。
学院从1988年开始招收硕士研究生，历届毕业研究生均获得工学硕士学位。在研究生教学实践中，学院着眼于部队建设需要，不断调整和充实培养方案，紧密结合部队军交运输现代化建设和训练改革实际确定研究方向，具有鲜明的军事应用特色。
2007年招生专业及资费情况